وقد كان لإتقانه للعلوم العقلية آثارها في مرحلة أستاذيته، حيث وفرت له الكثير من التلاميذ الكبار الذين لم يكونوا يجدون عند غيره ما يجدون عنده من العلوم، وقد كان أولئك التلاميذ هم القادة الفكريون الذين كان لهم دور كبير في نجاح الثورة الإسلامية.

وفي نفس الوقت كان لذلك آثاره السلبية في الذين يخالفون أمثال تلك العلوم، كما ذكر الإمام الخميني ذلك عن نفسه، فقال: (في مدرسة الفيضية تناول ابني الصغير المرحوم مصطفى وعاءً وشرب منه الماء، فقام أحدهم وطهَّر الوعاء لأنني كنتُ أُدرِّس الفلسفة، فقد كانت دراسة الفلسفة والعرفان تُعَدّ ذنبًا وشِرْكًا)[1]

وأشار إليه في موضع آخر عند رده على ذلك الصراع الذي استشرى فترة طويلة في التاريخ الإسلامي بين الفقهاء والفلاسفة، فقال: (لا ينبغي لهذه الفئة أن تتعرض لتلك، ولا لتلك الفئة أن تتعرض لهذه، فكل فئة من هؤلاء تتبنّى قضية مستقلة ومسألة محدودة لحالها. عقلك أنت لا يستوعب ما هو (الفقه) مثلًا، فلماذا تعتدي على الفقه؟ عقلك لا يستوعب ما هي (الفلسفة) وما فوق الفلسفة، لماذا تتجاسر على أصحابها؟ فأنت الذي لا تستطيع أن تستوعب. فإن من لا يستطيع فهم ما تقوله تلك الطائفة أو الفئة، وما تتوخّاه لا يحقّ لهُ الاعتراض عليها، فقد يكون فكره هو محدوداً!) [2]

ثم بين المنهج الأمثل في التعامل مع كلا الصنفين من العلوم، فقال: (على الجميع أن يتكاتفوا فيما بينهم، ويتعاضدوا، يجب أن يتوحّدوا فقيهاً ومهندساً وطبيباً وطلاباً وجامعيين وطلبة مدارس، على الجميع أن يتآزروا، حتى يتمكّنوا من القيام بعمل ما، ليتخلّصوا من هذه

[1] انظر: الإمام الخميني، بيان صادر في الخامس عشر من رجب لعام 1409هـ ق.، نقلا عن: عبد الجبار الرفاعي، مبادئ الفلسفة الإسلامية، ط1، دار الهادي، بيروت، 2001م.، ج1، ص97..

[2] صحيفة الإمام، ج‌3، ص: 219.