وكما أن مرارة اليتم لم تصرف الإمام الخميني عن طلب العلم، بل جعلته يقبل عليه بكليته، فهكذا حصل لتلميذه وخليفته السيد علي الخامنئيّ الذي التحق بالكتاتيب لتعلّم القرآن الكريم، وهو لما يتجاوز الخمس سنوات.

وبعد أن أكمل المرحلة الابتدائيّة، التحق بالدراسة المسائيّة في المدرسة الحكوميّة وحصل على الشهادة المتوسّطة، ثمَّ أنهى دراسته الثانويَّة خلال سنتين، وحصل على الشهادة الثانويَّة.

وقد حدّث عن مدى الاهتمام الذي كانت توليه أسرته لطلب العلم، على الرغم من ظروفها الصعبة، فقال: (لقد كان والدي العامل الرئيسيّ في انتخابي طريق العلم النيّر والعلماء. ولقد شوّقني ورغّبني بذلك.. فعندما شرعت بالدروس الدينيَّة، كان الفارق في العمر بيني وبين والدي شاسعًا، إضافة إلى ذلك فقد كانت لوالدي مكانة علميَّة بارزة، وكانت لديه إجازة اجتهاد، وتخرّج على يديه الكثير من طلبة العلوم الدينيَّة في مستويات عالية، لذا لم يكن من المناسب وهو في هذه المكانة العظيمة أن يدرّسني وأنا في المرحلة الأولى من دراستي، ولم تكن لديه الرغبة ولا الصبر على ذلك. لكن نظرًا لاهتمامه بتربيتنا، فقد درّسني وأخي الأكبر ومن بعدنا درّس أخانا الأصغر، فحقّه عظيم علينا في مجال التدريس والتربية وخصوصًا عليّ، لأنّه لو لم يكن موجودًا لما وُفِّقنا في تحصيل الفقه والأصول، وقبل ذهابي إلى قمّ، حضرت. علاوة على دراستي عند والدي. الدروس العامّة في مشهد. وفي العطلة الصيفيَّة كان والدي يضع لنا برنامجًا دراسيًّا ويباشر تدريسنا، ولهذا السبب لم يحصل توقُّف في دراستي خلافًا للّذين كانوا يدرسون في الحوزات العامّة والّتي كانت تعطّل في شهري محرّم وصفر وشهر رمضان المبارك وفي العطلة الصيفيَّة. فأنهيت دروس السطوح جميعها، وشرعت بالبحث الخارج وأنا في السادسة عشر من عمري.. إنّ لدعم والدي النصيب الأوفر في تقدّمي الدراسيّ، فبلغت فترة دراستي منذ اللحظة الأولى في طلبي العلم حتّى شروعي